Jezioro Chełmżyńskie położone jest w województwie kujawsko-pomorskie i zgodnie z klasyfikacją Jednolitych Części Wód Powierzchniowych (JCWP) jest naturalną częścią wód. Zbiornik ma powierzchnię 271.1 ha oraz objętość wód szacowaną na 16451.9 tys. m³. W ewidencji wód jezioro figuruje pod kodem JCWP PLLW20451 (nr katalogowy 20451).
Jezioro leży w region wodny Dolnej Wisły, w obszarze dorzecza Wisły, a badania monitoringowe prowadzi Wojewódzki Inspektorat Ochrony Środowiska w Bydgoszcz. Współrzędne geograficzne jeziora to w przybliżeniu 53.1007°N, 18.3859°E.
Zgodnie z oceną Państwowego Monitoringu Środowiska (badania z 2015 r.) ogólny stan tej części wód oceniono jako dobry, a stan/potencjał ekologiczny określono jako dobry, a stan chemiczny jako dobry.
Z pomiarów fizykochemicznych wynika, że przewodność elektrolityczna właściwa wynosiła 453 µS/cm, przezroczystość wody (widzialność krążka Secchiego) 2.9 m, nasycenie tlenem hypolimnionu 0%, stężenie azotu ogólnego 1.22 mgN/l, stężenie fosforu ogólnego 0.103 mgP/l, stężenie chlorofilu „a” 14.7 µg/l.
Badania elementów biologicznych wykazały, że wskaźnik fitoplanktonowy PMPL wyniósł 1.57, wskaźnik makrofitowy ESMI 0.419, indeks okrzemkowy fitobentosu IOJ 0.493, Jeziorowy Indeks Rybny LFI-CEN 0.6.
Pod względem powierzchni to 10. co do wielkości jezioro w województwie kujawsko-pomorskie spośród 124 zbadanych.
Ostatnie badania jakości wody przeprowadzono w 2015 r., czyli 11 lat temu.