Jezioro Gęgnowskie położone jest w województwie zachodniopomorskie i zgodnie z klasyfikacją Jednolitych Części Wód Powierzchniowych (JCWP) jest naturalną częścią wód. Zbiornik ma powierzchnię 53.8 ha oraz objętość wód szacowaną na 1134.8 tys. m³. W ewidencji wód jezioro figuruje pod kodem JCWP PLLW20824 (nr katalogowy 20824).
Jezioro leży w region wodny Dolnej Odry i Przymorza Zachodniego, w obszarze dorzecza Odry, a badania monitoringowe prowadzi Wojewódzki Inspektorat Ochrony Środowiska w Szczecin. Współrzędne geograficzne jeziora to w przybliżeniu 53.3753°N, 15.4850°E.
Zgodnie z oceną Państwowego Monitoringu Środowiska (badania z 2009 r.) ogólny stan tej części wód oceniono jako zły, a stan/potencjał ekologiczny określono jako słaby.
Z pomiarów fizykochemicznych wynika, że przewodność elektrolityczna właściwa wynosiła 311 µS/cm, przezroczystość wody (widzialność krążka Secchiego) 0.9 m, stężenie azotu ogólnego 1.24 mgN/l, stężenie fosforu ogólnego 0.076 mgP/l, stężenie chlorofilu „a” 54.6 µg/l.
Pod względem powierzchni to 163. co do wielkości jezioro w województwie zachodniopomorskie spośród 178 zbadanych.
Jako prawdopodobne przyczyny obniżonego stanu wód wskazuje się: rolnictwo z zabudową rozproszoną, turystyka i rekreacja.
Ostatnie badania jakości wody przeprowadzono w 2009 r., czyli 17 lat temu.