Jezioro Juno położone jest w województwie warmińsko-mazurskie i zgodnie z klasyfikacją Jednolitych Części Wód Powierzchniowych (JCWP) jest naturalną częścią wód. Zbiornik ma powierzchnię 380.7 ha oraz objętość wód szacowaną na 45476.5 tys. m³. W ewidencji wód jezioro figuruje pod kodem JCWP PLLW30504 (nr katalogowy 30504).
Jezioro leży w region wodny Łyny i Węgorapy, w obszarze dorzecza Pregoły, a badania monitoringowe prowadzi Wojewódzki Inspektorat Ochrony Środowiska w Olsztyn. Współrzędne geograficzne jeziora to w przybliżeniu 53.5543°N, 21.1627°E.
Zgodnie z oceną Państwowego Monitoringu Środowiska (badania z 2003 r.) ogólny stan tej części wód oceniono jako zły, a stan/potencjał ekologiczny określono jako umiarkowany.
Pod względem powierzchni to 59. co do wielkości jezioro w województwie warmińsko-mazurskie spośród 311 zbadanych.
Jako prawdopodobne przyczyny obniżonego stanu wód wskazuje się: gospodarka komunalna, rolnictwo z zabudową rozproszoną, turystyka i rekreacja.
Ostatnie badania jakości wody przeprowadzono w 2003 r., czyli 23 lata temu.