Jezioro Kownackie położone jest w województwie warmińsko-mazurskie i zgodnie z klasyfikacją Jednolitych Części Wód Powierzchniowych (JCWP) jest naturalną częścią wód. Zbiornik ma powierzchnię 215.5 ha oraz objętość wód szacowaną na 20478.3 tys. m³. W ewidencji wód jezioro figuruje pod kodem JCWP PLLW30329 (nr katalogowy 30329).
Jezioro leży w region wodny Środkowej Wisły, w obszarze dorzecza Wisły, a badania monitoringowe prowadzi Wojewódzki Inspektorat Ochrony Środowiska w Olsztyn. Współrzędne geograficzne jeziora to w przybliżeniu 53.2532°N, 20.1443°E.
Zgodnie z oceną Państwowego Monitoringu Środowiska (badania z 2014 r.) ogólny stan tej części wód oceniono jako dobry, a stan/potencjał ekologiczny określono jako dobry, a stan chemiczny jako dobry.
Z pomiarów fizykochemicznych wynika, że przewodność elektrolityczna właściwa wynosiła 220 µS/cm, przezroczystość wody (widzialność krążka Secchiego) 3.6 m, nasycenie tlenem hypolimnionu 1.1%, stężenie azotu ogólnego 0.88 mgN/l, stężenie fosforu ogólnego 0.045 mgP/l, stężenie chlorofilu „a” 6 µg/l.
Badania elementów biologicznych wykazały, że wskaźnik fitoplanktonowy PMPL wyniósł 1.52, wskaźnik makrofitowy ESMI 0.753, indeks okrzemkowy fitobentosu IOJ 0.815.
Pod względem powierzchni to 101. co do wielkości jezioro w województwie warmińsko-mazurskie spośród 311 zbadanych.
Ostatnie badania jakości wody przeprowadzono w 2014 r., czyli 12 lat temu.