Jezioro Kraksztyn położone jest w województwie warmińsko-mazurskie i zgodnie z klasyfikacją Jednolitych Części Wód Powierzchniowych (JCWP) jest naturalną częścią wód. Zbiornik ma powierzchnię 50.5 ha oraz objętość wód szacowaną na 1402.5 tys. m³. W ewidencji wód jezioro figuruje pod kodem JCWP PLLW30244 (nr katalogowy 30244).
Jezioro leży w region wodny Środkowej Wisły, w obszarze dorzecza Wisły, a badania monitoringowe prowadzi Wojewódzki Inspektorat Ochrony Środowiska w Olsztyn. Współrzędne geograficzne jeziora to w przybliżeniu 53.4744°N, 22.0650°E.
Zgodnie z oceną Państwowego Monitoringu Środowiska ogólny stan tej części wód oceniono jako zły, a stan/potencjał ekologiczny określono jako słaby/zły.
Pod względem powierzchni to 309. co do wielkości jezioro w województwie warmińsko-mazurskie spośród 311 zbadanych.
Jako prawdopodobne przyczyny obniżonego stanu wód wskazuje się: rolnictwo z zabudową rozproszoną.