Jezioro Kruklin położone jest w województwie warmińsko-mazurskie i zgodnie z klasyfikacją Jednolitych Części Wód Powierzchniowych (JCWP) jest naturalną częścią wód. Zbiornik ma powierzchnię 356.4 ha oraz objętość wód szacowaną na 17688 tys. m³. W ewidencji wód jezioro figuruje pod kodem JCWP PLLW30551 (nr katalogowy 30551).
Jezioro leży w region wodny Łyny i Węgorapy, w obszarze dorzecza Pregoły, a badania monitoringowe prowadzi Wojewódzki Inspektorat Ochrony Środowiska w Olsztyn. Współrzędne geograficzne jeziora to w przybliżeniu 54.0148°N, 21.5414°E.
Zgodnie z oceną Państwowego Monitoringu Środowiska (badania z 2014 r.) ogólny stan tej części wód oceniono jako zły, a stan/potencjał ekologiczny określono jako słaby, a stan chemiczny jako dobry.
Z pomiarów fizykochemicznych wynika, że przewodność elektrolityczna właściwa wynosiła 327 µS/cm, przezroczystość wody (widzialność krążka Secchiego) 1 m, nasycenie tlenem hypolimnionu 0%, stężenie azotu ogólnego 1.7 mgN/l, stężenie fosforu ogólnego 0.045 mgP/l, stężenie chlorofilu „a” 21.8 µg/l.
Badania elementów biologicznych wykazały, że wskaźnik fitoplanktonowy PMPL wyniósł 3.42, wskaźnik makrofitowy ESMI 0.282, indeks okrzemkowy fitobentosu IOJ 0.877.
Pod względem powierzchni to 63. co do wielkości jezioro w województwie warmińsko-mazurskie spośród 311 zbadanych.
Jako prawdopodobne przyczyny obniżonego stanu wód wskazuje się: rolnictwo z zabudową rozproszoną, turystyka i rekreacja.
Ostatnie badania jakości wody przeprowadzono w 2014 r., czyli 12 lat temu.