Jezioro Kukowino położone jest w województwie warmińsko-mazurskie i zgodnie z klasyfikacją Jednolitych Części Wód Powierzchniowych (JCWP) jest naturalną częścią wód. Zbiornik ma powierzchnię 128.2 ha oraz objętość wód szacowaną na 7422.1 tys. m³. W ewidencji wód jezioro figuruje pod kodem JCWP PLLW30079 (nr katalogowy 30079).
Jezioro leży w region wodny Środkowej Wisły, w obszarze dorzecza Wisły, a badania monitoringowe prowadzi Wojewódzki Inspektorat Ochrony Środowiska w Olsztyn. Współrzędne geograficzne jeziora to w przybliżeniu 53.5728°N, 22.2418°E.
Zgodnie z oceną Państwowego Monitoringu Środowiska (badania z 2004 r.) ogólny stan tej części wód oceniono jako zły, a stan/potencjał ekologiczny określono jako umiarkowany.
Pod względem powierzchni to 166. co do wielkości jezioro w województwie warmińsko-mazurskie spośród 311 zbadanych.
Jako prawdopodobne przyczyny obniżonego stanu wód wskazuje się: rolnictwo z zabudową rozproszona.
Ostatnie badania jakości wody przeprowadzono w 2004 r., czyli 22 lata temu.