Jezioro Milachowo położone jest w województwie pomorskie i zgodnie z klasyfikacją Jednolitych Części Wód Powierzchniowych (JCWP) jest naturalną częścią wód. Zbiornik ma powierzchnię 64.7 ha oraz objętość wód szacowaną na 1229.9 tys. m³. W ewidencji wód jezioro figuruje pod kodem JCWP PLLW20339 (nr katalogowy 20339).
Jezioro leży w region wodny Dolnej Wisły, w obszarze dorzecza Wisły, a badania monitoringowe prowadzi Wojewódzki Inspektorat Ochrony Środowiska w Gdańsk. Współrzędne geograficzne jeziora to w przybliżeniu 53.5616°N, 17.3343°E.
Zgodnie z oceną Państwowego Monitoringu Środowiska (badania z 1997 r.) ogólny stan tej części wód oceniono jako zły, a stan/potencjał ekologiczny określono jako słaby/zły.
Pod względem powierzchni to 116. co do wielkości jezioro w województwie pomorskie spośród 152 zbadanych.
Jako prawdopodobne przyczyny obniżonego stanu wód wskazuje się: rolnictwo z zabudową rozproszoną.
Ostatnie badania jakości wody przeprowadzono w 1997 r., czyli 29 lat temu.