Jezioro Myśliborskie położone jest w województwie zachodniopomorskie i zgodnie z klasyfikacją Jednolitych Części Wód Powierzchniowych (JCWP) jest silnie zmienioną częścią wód. Zbiornik ma powierzchnię 617.7 ha oraz objętość wód szacowaną na 51943.4 tys. m³. W ewidencji wód jezioro figuruje pod kodem JCWP PLLW10946 (nr katalogowy 10946).
Jezioro leży w region wodny Dolnej Odry i Przymorza Zachodniego, w obszarze dorzecza Odry, a badania monitoringowe prowadzi Wojewódzki Inspektorat Ochrony Środowiska w Szczecin. Współrzędne geograficzne jeziora to w przybliżeniu 52.5707°N, 14.5131°E.
Zgodnie z oceną Państwowego Monitoringu Środowiska (badania z 2014 r.) ogólny stan tej części wód oceniono jako zły, a stan/potencjał ekologiczny określono jako umiarkowany, a stan chemiczny jako dobry.
Z pomiarów fizykochemicznych wynika, że przewodność elektrolityczna właściwa wynosiła 513 µS/cm, przezroczystość wody (widzialność krążka Secchiego) 1.7 m, nasycenie tlenem hypolimnionu 26.8%, stężenie azotu ogólnego 1.33 mgN/l, stężenie fosforu ogólnego 0.048 mgP/l, stężenie chlorofilu „a” 15.7 µg/l.
Badania elementów biologicznych wykazały, że wskaźnik fitoplanktonowy PMPL wyniósł 2.18, wskaźnik makrofitowy ESMI 0.382, indeks okrzemkowy fitobentosu IOJ 0.685.
Pod względem powierzchni to 15. co do wielkości jezioro w województwie zachodniopomorskie spośród 178 zbadanych.
Jako prawdopodobne przyczyny obniżonego stanu wód wskazuje się: rolnictwo z zabudową rozproszoną, turystyka i rekreacja.
Ostatnie badania jakości wody przeprowadzono w 2014 r., czyli 12 lat temu.