Jezioro Niegocin położone jest w województwie warmińsko-mazurskie i zgodnie z klasyfikacją Jednolitych Części Wód Powierzchniowych (JCWP) jest silnie zmienioną częścią wód. Zbiornik ma powierzchnię 2600 ha oraz objętość wód szacowaną na 258521.6 tys. m³. W ewidencji wód jezioro figuruje pod kodem JCWP PLLW30134 (nr katalogowy 30134).
Jezioro leży w region wodny Środkowej Wisły, w obszarze dorzecza Wisły, a badania monitoringowe prowadzi Wojewódzki Inspektorat Ochrony Środowiska w Olsztyn. Współrzędne geograficzne jeziora to w przybliżeniu 53.5957°N, 21.4650°E.
Zgodnie z oceną Państwowego Monitoringu Środowiska (badania z 2015 r.) ogólny stan tej części wód oceniono jako zły, a stan/potencjał ekologiczny określono jako umiarkowany, a stan chemiczny jako dobry.
Z pomiarów fizykochemicznych wynika, że przewodność elektrolityczna właściwa wynosiła 281 µS/cm, przezroczystość wody (widzialność krążka Secchiego) 2.5 m, nasycenie tlenem hypolimnionu 0.5%, stężenie azotu ogólnego 0.95 mgN/l, stężenie fosforu ogólnego 0.034 mgP/l, stężenie chlorofilu „a” 12.8 µg/l.
Badania elementów biologicznych wykazały, że wskaźnik fitoplanktonowy PMPL wyniósł 2.24, wskaźnik makrofitowy ESMI 0.338, indeks okrzemkowy fitobentosu IOJ 0.701, Jeziorowy Indeks Rybny LFI-CEN 0.47.
Pod względem powierzchni to 4. co do wielkości jezioro w województwie warmińsko-mazurskie spośród 311 zbadanych.
Jako prawdopodobne przyczyny obniżonego stanu wód wskazuje się: rolnictwo z zabudową rozproszoną, turystyka i rekreacja.
Ostatnie badania jakości wody przeprowadzono w 2015 r., czyli 11 lat temu.