Jezioro Puzy położone jest w województwie warmińsko-mazurskie i zgodnie z klasyfikacją Jednolitych Części Wód Powierzchniowych (JCWP) jest naturalną częścią wód. Zbiornik ma powierzchnię 211.8 ha oraz objętość wód szacowaną na 1561.3 tys. m³. W ewidencji wód jezioro figuruje pod kodem JCWP PLLW20089 (nr katalogowy 20089).
Jezioro leży w region wodny Dolnej Wisły, w obszarze dorzecza Wisły, a badania monitoringowe prowadzi Wojewódzki Inspektorat Ochrony Środowiska w Olsztyn. Współrzędne geograficzne jeziora to w przybliżeniu 53.4328°N, 19.5725°E.
Zgodnie z oceną Państwowego Monitoringu Środowiska (badania z 2014 r.) ogólny stan tej części wód oceniono jako zły, a stan/potencjał ekologiczny określono jako zły, a stan chemiczny jako dobry.
Z pomiarów fizykochemicznych wynika, że przewodność elektrolityczna właściwa wynosiła 230 µS/cm, przezroczystość wody (widzialność krążka Secchiego) 0.5 m, zawartość tlenu nad dnem 6.2 mgO₂/l, stężenie azotu ogólnego 2.37 mgN/l, stężenie fosforu ogólnego 0.103 mgP/l, stężenie chlorofilu „a” 76.4 µg/l.
Badania elementów biologicznych wykazały, że wskaźnik fitoplanktonowy PMPL wyniósł 4.34, wskaźnik makrofitowy ESMI 0.445, indeks okrzemkowy fitobentosu IOJ 0.69, Jeziorowy Indeks Rybny LFI-CEN 0.44.
Pod względem powierzchni to 104. co do wielkości jezioro w województwie warmińsko-mazurskie spośród 311 zbadanych.
Jako prawdopodobne przyczyny obniżonego stanu wód wskazuje się: rolnictwo z zabudową rozproszoną.
Ostatnie badania jakości wody przeprowadzono w 2014 r., czyli 12 lat temu.