Jezioro Rąpino położone jest w województwie lubuskie i zgodnie z klasyfikacją Jednolitych Części Wód Powierzchniowych (JCWP) jest naturalną częścią wód. Zbiornik ma powierzchnię 55 ha oraz objętość wód szacowaną na 220 tys. m³. W ewidencji wód jezioro figuruje pod kodem JCWP PLLW10869 (nr katalogowy 10869).
Jezioro leży w region wodny Warty, w obszarze dorzecza Odry, a badania monitoringowe prowadzi Wojewódzki Inspektorat Ochrony Środowiska w Zielona Góra. Współrzędne geograficzne jeziora to w przybliżeniu 52.4715°N, 15.4627°E.
Zgodnie z oceną Państwowego Monitoringu Środowiska ogólny stan tej części wód oceniono jako zły, a stan/potencjał ekologiczny określono jako słaby/zły.
Pod względem powierzchni to 55. co do wielkości jezioro w województwie lubuskie spośród 60 zbadanych.
Jako prawdopodobne przyczyny obniżonego stanu wód wskazuje się: gospodarka komunalna, rolnictwo z zabudową rozproszoną, turystyka i rekreacja.