Jezioro Skarlińskie położone jest w województwie warmińsko-mazurskie i zgodnie z klasyfikacją Jednolitych Części Wód Powierzchniowych (JCWP) jest naturalną częścią wód. Zbiornik ma powierzchnię 293.8 ha oraz objętość wód szacowaną na 22152.2 tys. m³. W ewidencji wód jezioro figuruje pod kodem JCWP PLLW20174 (nr katalogowy 20174).
Jezioro leży w region wodny Dolnej Wisły, w obszarze dorzecza Wisły, a badania monitoringowe prowadzi Wojewódzki Inspektorat Ochrony Środowiska w Olsztyn. Współrzędne geograficzne jeziora to w przybliżeniu 53.2717°N, 19.2824°E.
Zgodnie z oceną Państwowego Monitoringu Środowiska (badania z 2013 r.) ogólny stan tej części wód oceniono jako zły, a stan/potencjał ekologiczny określono jako umiarkowany, a stan chemiczny jako dobry.
Z pomiarów fizykochemicznych wynika, że przewodność elektrolityczna właściwa wynosiła 449 µS/cm, przezroczystość wody (widzialność krążka Secchiego) 2.5 m, nasycenie tlenem hypolimnionu 0%, stężenie azotu ogólnego 1.49 mgN/l, stężenie fosforu ogólnego 0.042 mgP/l, stężenie chlorofilu „a” 13.5 µg/l.
Badania elementów biologicznych wykazały, że wskaźnik fitoplanktonowy PMPL wyniósł 2.56, wskaźnik makrofitowy ESMI 0.489, indeks okrzemkowy fitobentosu IOJ 0.601.
Pod względem powierzchni to 74. co do wielkości jezioro w województwie warmińsko-mazurskie spośród 311 zbadanych.
Jako prawdopodobne przyczyny obniżonego stanu wód wskazuje się: rolnictwo z zabudową rozproszoną.
Ostatnie badania jakości wody przeprowadzono w 2013 r., czyli 13 lat temu.