Jezioro Skomętno położone jest w województwie warmińsko-mazurskie i zgodnie z klasyfikacją Jednolitych Części Wód Powierzchniowych (JCWP) jest naturalną częścią wód. Zbiornik ma powierzchnię 226.3 ha oraz objętość wód szacowaną na 3069.4 tys. m³. W ewidencji wód jezioro figuruje pod kodem JCWP PLLW30051 (nr katalogowy 30051).
Jezioro leży w region wodny Środkowej Wisły, w obszarze dorzecza Wisły, a badania monitoringowe prowadzi Wojewódzki Inspektorat Ochrony Środowiska w Olsztyn. Współrzędne geograficzne jeziora to w przybliżeniu 53.5054°N, 22.3753°E.
Zgodnie z oceną Państwowego Monitoringu Środowiska ogólny stan tej części wód oceniono jako zły, a stan/potencjał ekologiczny określono jako słaby/zły.
Pod względem powierzchni to 95. co do wielkości jezioro w województwie warmińsko-mazurskie spośród 311 zbadanych.
Jako prawdopodobne przyczyny obniżonego stanu wód wskazuje się: rolnictwo z zabudową rozproszoną, turystyka i rekreacja.