Jezioro Szarlejskie położone jest w województwie kujawsko-pomorskie i zgodnie z klasyfikacją Jednolitych Części Wód Powierzchniowych (JCWP) jest naturalną częścią wód. Zbiornik ma powierzchnię 66.9 ha oraz objętość wód szacowaną na 1377.2 tys. m³. W ewidencji wód jezioro figuruje pod kodem JCWP PLLW10408 (nr katalogowy 10408).
Jezioro leży w region wodny Warty, w obszarze dorzecza Odry, a badania monitoringowe prowadzi Wojewódzki Inspektorat Ochrony Środowiska w Bydgoszcz. Współrzędne geograficzne jeziora to w przybliżeniu 52.4242°N, 18.1829°E.
Zgodnie z oceną Państwowego Monitoringu Środowiska (badania z 2012 r.) ogólny stan tej części wód oceniono jako zły, a stan/potencjał ekologiczny określono jako zły.
Z pomiarów fizykochemicznych wynika, że przewodność elektrolityczna właściwa wynosiła 797 µS/cm, przezroczystość wody (widzialność krążka Secchiego) 0.4 m, zawartość tlenu nad dnem 1.5 mgO₂/l, stężenie azotu ogólnego 3.4 mgN/l, stężenie fosforu ogólnego 0.257 mgP/l, stężenie chlorofilu „a” 119.3 µg/l.
Badania elementów biologicznych wykazały, że wskaźnik fitoplanktonowy PMPL wyniósł 4.11, wskaźnik makrofitowy ESMI 0.261, indeks okrzemkowy fitobentosu IOJ 0.715.
Pod względem powierzchni to 86. co do wielkości jezioro w województwie kujawsko-pomorskie spośród 124 zbadanych.
Jako prawdopodobne przyczyny obniżonego stanu wód wskazuje się: gospodarka komunalna, rolnictwo z zabudową rozproszoną, turystyka i rekreacja, zasilanie wewnętrzne.
Ostatnie badania jakości wody przeprowadzono w 2012 r., czyli 14 lat temu.