Jezioro Szczytno Wielkie położone jest w województwie pomorskie i zgodnie z klasyfikacją Jednolitych Części Wód Powierzchniowych (JCWP) jest naturalną częścią wód. Zbiornik ma powierzchnię 645.2 ha oraz objętość wód szacowaną na 51762.6 tys. m³. W ewidencji wód jezioro figuruje pod kodem JCWP PLLW20268 (nr katalogowy 20268).
Jezioro leży w region wodny Dolnej Wisły, w obszarze dorzecza Wisły, a badania monitoringowe prowadzi Wojewódzki Inspektorat Ochrony Środowiska w Gdańsk. Współrzędne geograficzne jeziora to w przybliżeniu 53.4503°N, 17.1232°E.
Zgodnie z oceną Państwowego Monitoringu Środowiska (badania z 2014 r.) ogólny stan tej części wód oceniono jako zły, a stan/potencjał ekologiczny określono jako słaby, a stan chemiczny jako dobry.
Z pomiarów fizykochemicznych wynika, że przewodność elektrolityczna właściwa wynosiła 274 µS/cm, przezroczystość wody (widzialność krążka Secchiego) 3 m, nasycenie tlenem hypolimnionu 0%, stężenie azotu ogólnego 0.65 mgN/l, stężenie fosforu ogólnego 0.025 mgP/l, stężenie chlorofilu „a” 10.4 µg/l.
Badania elementów biologicznych wykazały, że wskaźnik fitoplanktonowy PMPL wyniósł 1.04, wskaźnik makrofitowy ESMI 0.189, indeks okrzemkowy fitobentosu IOJ 0.56.
Pod względem powierzchni to 10. co do wielkości jezioro w województwie pomorskie spośród 152 zbadanych.
Jako prawdopodobne przyczyny obniżonego stanu wód wskazuje się: rolnictwo z zabudową rozproszoną, turystyka i rekreacja.
Ostatnie badania jakości wody przeprowadzono w 2014 r., czyli 12 lat temu.