Jezioro Wdzydze położone jest w województwie pomorskie i zgodnie z klasyfikacją Jednolitych Części Wód Powierzchniowych (JCWP) jest naturalną częścią wód. Zbiornik ma powierzchnię 918.8 ha oraz objętość wód szacowaną na 180100 tys. m³. W ewidencji wód jezioro figuruje pod kodem JCWP PLLW20503 (nr katalogowy 20503).
Jezioro leży w region wodny Dolnej Wisły, w obszarze dorzecza Wisły, a badania monitoringowe prowadzi Wojewódzki Inspektorat Ochrony Środowiska w Gdańsk. Współrzędne geograficzne jeziora to w przybliżeniu 53.5759°N, 17.5502°E.
Zgodnie z oceną Państwowego Monitoringu Środowiska (badania z 2015 r.) ogólny stan tej części wód oceniono jako dobry, a stan/potencjał ekologiczny określono jako dobry, a stan chemiczny jako dobry.
Z pomiarów fizykochemicznych wynika, że przewodność elektrolityczna właściwa wynosiła 232 µS/cm, przezroczystość wody (widzialność krążka Secchiego) 2 m, nasycenie tlenem hypolimnionu 43.8%, stężenie azotu ogólnego 0.58 mgN/l, stężenie fosforu ogólnego 0.033 mgP/l, stężenie chlorofilu „a” 9.9 µg/l.
Badania elementów biologicznych wykazały, że wskaźnik fitoplanktonowy PMPL wyniósł 1.84, wskaźnik makrofitowy ESMI 0.553, indeks okrzemkowy fitobentosu IOJ 0.591, Jeziorowy Indeks Rybny LFI-CEN 0.41.
Pod względem powierzchni to 5. co do wielkości jezioro w województwie pomorskie spośród 152 zbadanych.
Jako prawdopodobne przyczyny obniżonego stanu wód wskazuje się: ocena na podstawie LFI odrzucona - dane niewiarygodne.
Ostatnie badania jakości wody przeprowadzono w 2015 r., czyli 11 lat temu.