Jezioro Wilkowskie położone jest w województwie lubuskie i zgodnie z klasyfikacją Jednolitych Części Wód Powierzchniowych (JCWP) jest naturalną częścią wód. Zbiornik ma powierzchnię 130.5 ha oraz objętość wód szacowaną na 11701.8 tys. m³. W ewidencji wód jezioro figuruje pod kodem JCWP PLLW10039 (nr katalogowy 10039).
Jezioro leży w region wodny Środkowej Odry, w obszarze dorzecza Odry, a badania monitoringowe prowadzi Wojewódzki Inspektorat Ochrony Środowiska w Zielona Góra. Współrzędne geograficzne jeziora to w przybliżeniu 52.1451°N, 15.2756°E.
Zgodnie z oceną Państwowego Monitoringu Środowiska (badania z 2014 r.) ogólny stan tej części wód oceniono jako dobry, a stan/potencjał ekologiczny określono jako bardzo dobry, a stan chemiczny jako dobry.
Z pomiarów fizykochemicznych wynika, że przewodność elektrolityczna właściwa wynosiła 298 µS/cm, przezroczystość wody (widzialność krążka Secchiego) 4.8 m, nasycenie tlenem hypolimnionu 0.5%, stężenie azotu ogólnego 1.21 mgN/l, stężenie fosforu ogólnego 0.037 mgP/l, stężenie chlorofilu „a” 3.8 µg/l.
Badania elementów biologicznych wykazały, że wskaźnik fitoplanktonowy PMPL wyniósł 0.07, wskaźnik makrofitowy ESMI 0.758, indeks okrzemkowy fitobentosu IOJ 0.771, Jeziorowy Indeks Rybny LFI-CEN 0.76.
Pod względem powierzchni to 21. co do wielkości jezioro w województwie lubuskie spośród 60 zbadanych.
Ostatnie badania jakości wody przeprowadzono w 2014 r., czyli 12 lat temu.