Jezioro Wygonin położone jest w województwie pomorskie i zgodnie z klasyfikacją Jednolitych Części Wód Powierzchniowych (JCWP) jest naturalną częścią wód. Zbiornik ma powierzchnię 67.5 ha oraz objętość wód szacowaną na 4307.6 tys. m³. W ewidencji wód jezioro figuruje pod kodem JCWP PLLW20658 (nr katalogowy 20658).
Jezioro leży w region wodny Dolnej Wisły, w obszarze dorzecza Wisły, a badania monitoringowe prowadzi Wojewódzki Inspektorat Ochrony Środowiska w Gdańsk. Współrzędne geograficzne jeziora to w przybliżeniu 53.5713°N, 18.0835°E.
Zgodnie z oceną Państwowego Monitoringu Środowiska stan/potencjał ekologiczny określono jako bardzo dobry.
Pod względem powierzchni to 109. co do wielkości jezioro w województwie pomorskie spośród 152 zbadanych.