Jezioro Zyzdrój Mały położone jest w województwie warmińsko-mazurskie i zgodnie z klasyfikacją Jednolitych Części Wód Powierzchniowych (JCWP) jest naturalną częścią wód. Zbiornik ma powierzchnię 50.7 ha oraz objętość wód szacowaną na 1966.9 tys. m³. W ewidencji wód jezioro figuruje pod kodem JCWP PLLW30214 (nr katalogowy 30214).
Jezioro leży w region wodny Środkowej Wisły, w obszarze dorzecza Wisły, a badania monitoringowe prowadzi Wojewódzki Inspektorat Ochrony Środowiska w Olsztyn. Współrzędne geograficzne jeziora to w przybliżeniu 53.3721°N, 21.1836°E.
Zgodnie z oceną Państwowego Monitoringu Środowiska (badania z 2001 r.) ogólny stan tej części wód oceniono jako zły, a stan/potencjał ekologiczny określono jako słaby/zły.
Pod względem powierzchni to 307. co do wielkości jezioro w województwie warmińsko-mazurskie spośród 311 zbadanych.
Jako prawdopodobne przyczyny obniżonego stanu wód wskazuje się: gospodarka komunalna, rolnictwo z zabudową rozproszoną, turystyka i rekreacja.
Ostatnie badania jakości wody przeprowadzono w 2001 r., czyli 25 lat temu.