Jezioro Łuknajno położone jest w województwie warmińsko-mazurskie i zgodnie z klasyfikacją Jednolitych Części Wód Powierzchniowych (JCWP) jest silnie zmienioną częścią wód. Zbiornik ma powierzchnię 680 ha oraz objętość wód szacowaną na 4350.9 tys. m³. W ewidencji wód jezioro figuruje pod kodem JCWP PLLW30235 (nr katalogowy 30235).
Jezioro leży w region wodny Środkowej Wisły, w obszarze dorzecza Wisły, a badania monitoringowe prowadzi Wojewódzki Inspektorat Ochrony Środowiska w Olsztyn. Współrzędne geograficzne jeziora to w przybliżeniu 53.4849°N, 21.3736°E.
Zgodnie z oceną Państwowego Monitoringu Środowiska (badania z 2015 r.) ogólny stan tej części wód oceniono jako dobry, a stan/potencjał ekologiczny określono jako maksymalny, a stan chemiczny jako dobry.
Z pomiarów fizykochemicznych wynika, że przewodność elektrolityczna właściwa wynosiła 203 µS/cm, przezroczystość wody (widzialność krążka Secchiego) 2.6 m, zawartość tlenu nad dnem 10.4 mgO₂/l, stężenie azotu ogólnego 1.39 mgN/l, stężenie fosforu ogólnego 0.024 mgP/l, stężenie chlorofilu „a” 2.3 µg/l.
Badania elementów biologicznych wykazały, że wskaźnik fitoplanktonowy PMPL wyniósł 0.21, wskaźnik makrofitowy ESMI 0,626*, indeks okrzemkowy fitobentosu IOJ 0.891.
Pod względem powierzchni to 29. co do wielkości jezioro w województwie warmińsko-mazurskie spośród 311 zbadanych.
Ostatnie badania jakości wody przeprowadzono w 2015 r., czyli 11 lat temu.