Jezioro Żnińskie Małe położone jest w województwie kujawsko-pomorskie i zgodnie z klasyfikacją Jednolitych Części Wód Powierzchniowych (JCWP) jest naturalną częścią wód. Zbiornik ma powierzchnię 135.1 ha oraz objętość wód szacowaną na 3063.5 tys. m³. W ewidencji wód jezioro figuruje pod kodem JCWP PLLW10462 (nr katalogowy 10462).
Jezioro leży w region wodny Warty, w obszarze dorzecza Odry, a badania monitoringowe prowadzi Wojewódzki Inspektorat Ochrony Środowiska w Bydgoszcz. Współrzędne geograficzne jeziora to w przybliżeniu 52.5009°N, 17.4256°E.
Zgodnie z oceną Państwowego Monitoringu Środowiska (badania z 2010 r.) ogólny stan tej części wód oceniono jako zły, a stan/potencjał ekologiczny określono jako zły.
Z pomiarów fizykochemicznych wynika, że przewodność elektrolityczna właściwa wynosiła 642 µS/cm, przezroczystość wody (widzialność krążka Secchiego) 0.5 m, zawartość tlenu nad dnem 2.7 mgO₂/l, stężenie azotu ogólnego 4.52 mgN/l, stężenie fosforu ogólnego 0.08 mgP/l, stężenie chlorofilu „a” 158.5 µg/l.
Badania elementów biologicznych wykazały, że wskaźnik fitoplanktonowy PMPL wyniósł 4.88, wskaźnik makrofitowy ESMI 0,135*, indeks okrzemkowy fitobentosu IOJ 0.617, Jeziorowy Indeks Rybny LFI-CEN 0.37.
Pod względem powierzchni to 39. co do wielkości jezioro w województwie kujawsko-pomorskie spośród 124 zbadanych.
Jako prawdopodobne przyczyny obniżonego stanu wód wskazuje się: rolnictwo z zabudową rozproszoną.
Ostatnie badania jakości wody przeprowadzono w 2010 r., czyli 16 lat temu.