Jezioro Biskupińskie położone jest w województwie kujawsko-pomorskie i zgodnie z klasyfikacją Jednolitych Części Wód Powierzchniowych (JCWP) jest naturalną częścią wód. Zbiornik ma powierzchnię 116.6 ha oraz objętość wód szacowaną na 6397.2 tys. m³. W ewidencji wód jezioro figuruje pod kodem JCWP PLLW10457 (nr katalogowy 10457).
Jezioro leży w region wodny Warty, w obszarze dorzecza Odry, a badania monitoringowe prowadzi Wojewódzki Inspektorat Ochrony Środowiska w Bydgoszcz. Współrzędne geograficzne jeziora to w przybliżeniu 52.4730°N, 17.4501°E.
Zgodnie z oceną Państwowego Monitoringu Środowiska (badania z 2015 r.) ogólny stan tej części wód oceniono jako zły, a stan/potencjał ekologiczny określono jako zły, a stan chemiczny jako dobry.
Z pomiarów fizykochemicznych wynika, że przewodność elektrolityczna właściwa wynosiła 693 µS/cm, przezroczystość wody (widzialność krążka Secchiego) 0.7 m, nasycenie tlenem hypolimnionu 4.9%, stężenie azotu ogólnego 1.91 mgN/l, stężenie fosforu ogólnego 0.055 mgP/l, stężenie chlorofilu „a” 51.1 µg/l.
Badania elementów biologicznych wykazały, że wskaźnik fitoplanktonowy PMPL wyniósł 4.2, wskaźnik makrofitowy ESMI 0.135, indeks okrzemkowy fitobentosu IOJ 0.466.
Pod względem powierzchni to 49. co do wielkości jezioro w województwie kujawsko-pomorskie spośród 124 zbadanych.
Jako prawdopodobne przyczyny obniżonego stanu wód wskazuje się: rolnictwo z zabudową rozproszoną, turystyka i rekreacja, zasilanie wewnętrzne.
Ostatnie badania jakości wody przeprowadzono w 2015 r., czyli 11 lat temu.