Jezioro Brajnickie położone jest w województwie warmińsko-mazurskie i zgodnie z klasyfikacją Jednolitych Części Wód Powierzchniowych (JCWP) jest naturalną częścią wód. Zbiornik ma powierzchnię 186.3 ha oraz objętość wód szacowaną na 5203.9 tys. m³. W ewidencji wód jezioro figuruje pod kodem JCWP PLLW30315 (nr katalogowy 30315).
Jezioro leży w region wodny Środkowej Wisły, w obszarze dorzecza Wisły, a badania monitoringowe prowadzi Wojewódzki Inspektorat Ochrony Środowiska w Olsztyn. Współrzędne geograficzne jeziora to w przybliżeniu 53.3303°N, 20.4851°E.
Zgodnie z oceną Państwowego Monitoringu Środowiska (badania z 2003 r.) ogólny stan tej części wód oceniono jako zły, a stan/potencjał ekologiczny określono jako umiarkowany.
Pod względem powierzchni to 117. co do wielkości jezioro w województwie warmińsko-mazurskie spośród 311 zbadanych.
Jako prawdopodobne przyczyny obniżonego stanu wód wskazuje się: rolnictwo z zabudową rozproszoną.
Ostatnie badania jakości wody przeprowadzono w 2003 r., czyli 23 lata temu.