Jezioro Małszewskie położone jest w województwie warmińsko-mazurskie i zgodnie z klasyfikacją Jednolitych Części Wód Powierzchniowych (JCWP) jest naturalną częścią wód. Zbiornik ma powierzchnię 202.2 ha oraz objętość wód szacowaną na 12856.7 tys. m³. W ewidencji wód jezioro figuruje pod kodem JCWP PLLW30440 (nr katalogowy 30440).
Jezioro leży w region wodny Łyny i Węgorapy, w obszarze dorzecza Pregoły, a badania monitoringowe prowadzi Wojewódzki Inspektorat Ochrony Środowiska w Olsztyn. Współrzędne geograficzne jeziora to w przybliżeniu 53.3505°N, 20.4331°E.
Zgodnie z oceną Państwowego Monitoringu Środowiska (badania z 2002 r.) ogólny stan tej części wód oceniono jako zły, a stan/potencjał ekologiczny określono jako umiarkowany.
Pod względem powierzchni to 109. co do wielkości jezioro w województwie warmińsko-mazurskie spośród 311 zbadanych.
Jako prawdopodobne przyczyny obniżonego stanu wód wskazuje się: rolnictwo z zabudową rozproszoną, gospodarka komunalna, turystyka i rekreacja.
Ostatnie badania jakości wody przeprowadzono w 2002 r., czyli 24 lata temu.