Jezioro Łajskie położone jest w województwie warmińsko-mazurskie i zgodnie z klasyfikacją Jednolitych Części Wód Powierzchniowych (JCWP) jest naturalną częścią wód. Zbiornik ma powierzchnię 53.5 ha oraz objętość wód szacowaną na 2106.5 tys. m³. W ewidencji wód jezioro figuruje pod kodem JCWP PLLW30443 (nr katalogowy 30443).
Jezioro leży w region wodny Łyny i Węgorapy, w obszarze dorzecza Pregoły, a badania monitoringowe prowadzi Wojewódzki Inspektorat Ochrony Środowiska w Olsztyn. Współrzędne geograficzne jeziora to w przybliżeniu 53.3716°N, 20.3833°E.
Zgodnie z oceną Państwowego Monitoringu Środowiska (badania z 1997 r.) ogólny stan tej części wód oceniono jako zły, a stan/potencjał ekologiczny określono jako słaby/zły.
Pod względem powierzchni to 295. co do wielkości jezioro w województwie warmińsko-mazurskie spośród 311 zbadanych.
Jako prawdopodobne przyczyny obniżonego stanu wód wskazuje się: rolnictwo z zabudową rozproszoną, turystyka i rekreacja.
Ostatnie badania jakości wody przeprowadzono w 1997 r., czyli 29 lat temu.