Jezioro Chojeńskie położone jest w województwie kujawsko-pomorskie i zgodnie z klasyfikacją Jednolitych Części Wód Powierzchniowych (JCWP) jest naturalną częścią wód. Zbiornik ma powierzchnię 68.1 ha oraz objętość wód szacowaną na 4755.3 tys. m³. W ewidencji wód jezioro figuruje pod kodem JCWP PLLW20595 (nr katalogowy 20595).
Jezioro leży w region wodny Dolnej Wisły, w obszarze dorzecza Wisły, a badania monitoringowe prowadzi Wojewódzki Inspektorat Ochrony Środowiska w Bydgoszcz. Współrzędne geograficzne jeziora to w przybliżeniu 53.1531°N, 19.1722°E.
Zgodnie z oceną Państwowego Monitoringu Środowiska (badania z 2012 r.) ogólny stan tej części wód oceniono jako zły, a stan/potencjał ekologiczny określono jako słaby.
Z pomiarów fizykochemicznych wynika, że przewodność elektrolityczna właściwa wynosiła 328 µS/cm, przezroczystość wody (widzialność krążka Secchiego) 2.1 m, nasycenie tlenem hypolimnionu 0%, stężenie azotu ogólnego 1.41 mgN/l, stężenie fosforu ogólnego 0.046 mgP/l, stężenie chlorofilu „a” 23.4 µg/l.
Badania elementów biologicznych wykazały, że wskaźnik fitoplanktonowy PMPL wyniósł 1.79, wskaźnik makrofitowy ESMI 0.529, indeks okrzemkowy fitobentosu IOJ 0.837, Jeziorowy Indeks Rybny LFI-CEN 0.61.
Pod względem powierzchni to 84. co do wielkości jezioro w województwie kujawsko-pomorskie spośród 124 zbadanych.
Jako prawdopodobne przyczyny obniżonego stanu wód wskazuje się: rolnictwo z zabudową rozproszoną, turystyka i rekreacja.
Ostatnie badania jakości wody przeprowadzono w 2012 r., czyli 14 lat temu.