Jezioro Czernikowskie położone jest w województwie zachodniopomorskie i zgodnie z klasyfikacją Jednolitych Części Wód Powierzchniowych (JCWP) jest naturalną częścią wód. Zbiornik ma powierzchnię 67.2 ha oraz objętość wód szacowaną na 3960.7 tys. m³. W ewidencji wód jezioro figuruje pod kodem JCWP PLLW10959 (nr katalogowy 10959).
Jezioro leży w region wodny Dolnej Odry i Przymorza Zachodniego, w obszarze dorzecza Odry, a badania monitoringowe prowadzi Wojewódzki Inspektorat Ochrony Środowiska w Szczecin. Współrzędne geograficzne jeziora to w przybliżeniu 52.5533°N, 14.4505°E.
Zgodnie z oceną Państwowego Monitoringu Środowiska (badania z 2006 r.) stan/potencjał ekologiczny określono jako dobry.
Pod względem powierzchni to 127. co do wielkości jezioro w województwie zachodniopomorskie spośród 178 zbadanych.
Ostatnie badania jakości wody przeprowadzono w 2006 r., czyli 20 lat temu.