Jezioro Głębokie położone jest w województwie lubuskie i zgodnie z klasyfikacją Jednolitych Części Wód Powierzchniowych (JCWP) jest naturalną częścią wód. Zbiornik ma powierzchnię 74.3 ha oraz objętość wód szacowaną na 765.5 tys. m³. W ewidencji wód jezioro figuruje pod kodem JCWP PLLW10052 (nr katalogowy 10052).
Jezioro leży w region wodny Środkowej Odry, w obszarze dorzecza Odry, a badania monitoringowe prowadzi Wojewódzki Inspektorat Ochrony Środowiska w Zielona Góra. Współrzędne geograficzne jeziora to w przybliżeniu 52.0722°N, 15.1126°E.
Zgodnie z oceną Państwowego Monitoringu Środowiska (badania z 2015 r.) ogólny stan tej części wód oceniono jako zły, a stan/potencjał ekologiczny określono jako słaby, a stan chemiczny jako dobry.
Z pomiarów fizykochemicznych wynika, że przewodność elektrolityczna właściwa wynosiła 308 µS/cm, przezroczystość wody (widzialność krążka Secchiego) 0.6 m, zawartość tlenu nad dnem 3.6 mgO₂/l, stężenie azotu ogólnego 1.94 mgN/l, stężenie fosforu ogólnego 0.113 mgP/l, stężenie chlorofilu „a” 44.3 µg/l.
Badania elementów biologicznych wykazały, że wskaźnik fitoplanktonowy PMPL wyniósł 2.47, wskaźnik makrofitowy ESMI 0.191, indeks okrzemkowy fitobentosu IOJ 0.89.
Pod względem powierzchni to 39. co do wielkości jezioro w województwie lubuskie spośród 60 zbadanych.
Jako prawdopodobne przyczyny obniżonego stanu wód wskazuje się: turystyka i rekreacja, presja chemiczna (substancje priorytetowe).
Ostatnie badania jakości wody przeprowadzono w 2015 r., czyli 11 lat temu.