Jezioro Głębokie położone jest w województwie pomorskie i zgodnie z klasyfikacją Jednolitych Części Wód Powierzchniowych (JCWP) jest naturalną częścią wód. Zbiornik ma powierzchnię 138.9 ha oraz objętość wód szacowaną na 14082.8 tys. m³. W ewidencji wód jezioro figuruje pod kodem JCWP PLLW20257 (nr katalogowy 20257).
Jezioro leży w region wodny Dolnej Wisły, w obszarze dorzecza Wisły, a badania monitoringowe prowadzi Wojewódzki Inspektorat Ochrony Środowiska w Gdańsk. Współrzędne geograficzne jeziora to w przybliżeniu 53.5844°N, 17.0529°E.
Zgodnie z oceną Państwowego Monitoringu Środowiska (badania z 2015 r.) ogólny stan tej części wód oceniono jako dobry, a stan/potencjał ekologiczny określono jako dobry, a stan chemiczny jako dobry.
Z pomiarów fizykochemicznych wynika, że przewodność elektrolityczna właściwa wynosiła 239 µS/cm, przezroczystość wody (widzialność krążka Secchiego) 4.8 m, nasycenie tlenem hypolimnionu 3.6%, stężenie azotu ogólnego 0.87 mgN/l, stężenie fosforu ogólnego 0.031 mgP/l, stężenie chlorofilu „a” 6 µg/l.
Badania elementów biologicznych wykazały, że wskaźnik fitoplanktonowy PMPL wyniósł 0.71, wskaźnik makrofitowy ESMI 0.611, indeks okrzemkowy fitobentosu IOJ 0.615.
Pod względem powierzchni to 48. co do wielkości jezioro w województwie pomorskie spośród 152 zbadanych.
Ostatnie badania jakości wody przeprowadzono w 2015 r., czyli 11 lat temu.