Jezioro Jełmuń położone jest w województwie warmińsko-mazurskie i zgodnie z klasyfikacją Jednolitych Części Wód Powierzchniowych (JCWP) jest naturalną częścią wód. Zbiornik ma powierzchnię 131.4 ha oraz objętość wód szacowaną na 5317.3 tys. m³. W ewidencji wód jezioro figuruje pod kodem JCWP PLLW30408 (nr katalogowy 30408).
Jezioro leży w region wodny Łyny i Węgorapy, w obszarze dorzecza Pregoły, a badania monitoringowe prowadzi Wojewódzki Inspektorat Ochrony Środowiska w Olsztyn. Współrzędne geograficzne jeziora to w przybliżeniu 53.5214°N, 21.0443°E.
Zgodnie z oceną Państwowego Monitoringu Środowiska (badania z 2015 r.) ogólny stan tej części wód oceniono jako zły, a stan/potencjał ekologiczny określono jako słaby, a stan chemiczny jako dobry.
Z pomiarów fizykochemicznych wynika, że przewodność elektrolityczna właściwa wynosiła 321 µS/cm, przezroczystość wody (widzialność krążka Secchiego) 1.1 m, zawartość tlenu nad dnem 4 mgO₂/l, stężenie azotu ogólnego 1.46 mgN/l, stężenie fosforu ogólnego 0.043 mgP/l, stężenie chlorofilu „a” 39 µg/l.
Badania elementów biologicznych wykazały, że wskaźnik fitoplanktonowy PMPL wyniósł 3.39, wskaźnik makrofitowy ESMI 0.344, indeks okrzemkowy fitobentosu IOJ 0.824.
Pod względem powierzchni to 163. co do wielkości jezioro w województwie warmińsko-mazurskie spośród 311 zbadanych.
Jako prawdopodobne przyczyny obniżonego stanu wód wskazuje się: rolnictwo z zabudową rozproszoną, turystyka i rekreacja.
Ostatnie badania jakości wody przeprowadzono w 2015 r., czyli 11 lat temu.