Jezioro Kleszczyńskie położone jest w województwie kujawsko-pomorskie i zgodnie z klasyfikacją Jednolitych Części Wód Powierzchniowych (JCWP) jest naturalną częścią wód. Zbiornik ma powierzchnię 72.2 ha oraz objętość wód szacowaną na 3873.7 tys. m³. W ewidencji wód jezioro figuruje pod kodem JCWP PLLW20209 (nr katalogowy 20209).
Jezioro leży w region wodny Dolnej Wisły, w obszarze dorzecza Wisły, a badania monitoringowe prowadzi Wojewódzki Inspektorat Ochrony Środowiska w Bydgoszcz. Współrzędne geograficzne jeziora to w przybliżeniu 53.0301°N, 19.1718°E.
Zgodnie z oceną Państwowego Monitoringu Środowiska (badania z 2010 r.) ogólny stan tej części wód oceniono jako zły, a stan/potencjał ekologiczny określono jako zły, a stan chemiczny jako dobry.
Z pomiarów fizykochemicznych wynika, że przewodność elektrolityczna właściwa wynosiła 399 µS/cm, przezroczystość wody (widzialność krążka Secchiego) 0.8 m, nasycenie tlenem hypolimnionu 1%, stężenie azotu ogólnego 1.98 mgN/l, stężenie fosforu ogólnego 0.254 mgP/l, stężenie chlorofilu „a” 48.4 µg/l.
Badania elementów biologicznych wykazały, że wskaźnik fitoplanktonowy PMPL wyniósł 4.15, wskaźnik makrofitowy ESMI 0,292*, indeks okrzemkowy fitobentosu IOJ 0.709.
Pod względem powierzchni to 75. co do wielkości jezioro w województwie kujawsko-pomorskie spośród 124 zbadanych.
Jako prawdopodobne przyczyny obniżonego stanu wód wskazuje się: rolnictwo z zabudową rozproszoną, zasilanie wewnętrzne.
Ostatnie badania jakości wody przeprowadzono w 2010 r., czyli 16 lat temu.