Jezioro Mogileńskie położone jest w województwie kujawsko-pomorskie i zgodnie z klasyfikacją Jednolitych Części Wód Powierzchniowych (JCWP) jest naturalną częścią wód. Zbiornik ma powierzchnię 43.8 ha oraz objętość wód szacowaną na 1561.9 tys. m³. W ewidencji wód jezioro figuruje pod kodem JCWP PLLW10424 (nr katalogowy 10424).
Jezioro leży w region wodny Warty, w obszarze dorzecza Odry, a badania monitoringowe prowadzi Wojewódzki Inspektorat Ochrony Środowiska w Bydgoszcz. Współrzędne geograficzne jeziora to w przybliżeniu 52.3843°N, 17.5712°E.
Zgodnie z oceną Państwowego Monitoringu Środowiska (badania z 2008 r.) ogólny stan tej części wód oceniono jako zły, a stan/potencjał ekologiczny określono jako zły.
Z pomiarów fizykochemicznych wynika, że przewodność elektrolityczna właściwa wynosiła 566 µS/cm, przezroczystość wody (widzialność krążka Secchiego) 0.7 m, stężenie azotu ogólnego 2.82 mgN/l, stężenie fosforu ogólnego 0.156 mgP/l, stężenie chlorofilu „a” 76.7 µg/l.
Badania elementów biologicznych wykazały, że wskaźnik makrofitowy ESMI 0.271.
Pod względem powierzchni to 124. co do wielkości jezioro w województwie kujawsko-pomorskie spośród 124 zbadanych.
Jako prawdopodobne przyczyny obniżonego stanu wód wskazuje się: gospodarka komunalna, rolnictwo z zabudową rozproszoną, turystyka i rekreacja, zasilanie wewnętrzne.
Ostatnie badania jakości wody przeprowadzono w 2008 r., czyli 18 lat temu.