Jezioro Pogubie Wielkie położone jest w województwie warmińsko-mazurskie i zgodnie z klasyfikacją Jednolitych Części Wód Powierzchniowych (JCWP) jest naturalną częścią wód. Zbiornik ma powierzchnię 670.8 ha oraz objętość wód szacowaną na 7192.4 tys. m³. W ewidencji wód jezioro figuruje pod kodem JCWP PLLW30274 (nr katalogowy 30274).
Jezioro leży w region wodny Środkowej Wisły, w obszarze dorzecza Wisły, a badania monitoringowe prowadzi Wojewódzki Inspektorat Ochrony Środowiska w Olsztyn. Współrzędne geograficzne jeziora to w przybliżeniu 53.3451°N, 21.4443°E.
Zgodnie z oceną Państwowego Monitoringu Środowiska (badania z 2006 r.) ogólny stan tej części wód oceniono jako zły, a stan/potencjał ekologiczny określono jako umiarkowany.
Pod względem powierzchni to 30. co do wielkości jezioro w województwie warmińsko-mazurskie spośród 311 zbadanych.
Jako prawdopodobne przyczyny obniżonego stanu wód wskazuje się: przyczyna złego stanu nieznana.
Ostatnie badania jakości wody przeprowadzono w 2006 r., czyli 20 lat temu.