Jezioro Rajgrodzkie położone jest w województwie podlaskie i zgodnie z klasyfikacją Jednolitych Części Wód Powierzchniowych (JCWP) jest silnie zmienioną częścią wód. Zbiornik ma powierzchnię 1503.2 ha oraz objętość wód szacowaną na 142623.2 tys. m³. W ewidencji wód jezioro figuruje pod kodem JCWP PLLW30052 (nr katalogowy 30052).
Jezioro leży w region wodny Środkowej Wisły, w obszarze dorzecza Wisły, a badania monitoringowe prowadzi Wojewódzki Inspektorat Ochrony Środowiska w Białystok. Współrzędne geograficzne jeziora to w przybliżeniu 53.4248°N, 22.3857°E.
Zgodnie z oceną Państwowego Monitoringu Środowiska (badania z 2014 r.) ogólny stan tej części wód oceniono jako zły, a stan/potencjał ekologiczny określono jako umiarkowany, a stan chemiczny jako dobry.
Z pomiarów fizykochemicznych wynika, że przewodność elektrolityczna właściwa wynosiła 386 µS/cm, przezroczystość wody (widzialność krążka Secchiego) 2.2 m, nasycenie tlenem hypolimnionu 9%, stężenie azotu ogólnego 1.46 mgN/l, stężenie fosforu ogólnego 0.021 mgP/l, stężenie chlorofilu „a” 12.2 µg/l.
Badania elementów biologicznych wykazały, że wskaźnik fitoplanktonowy PMPL wyniósł 2.45, wskaźnik makrofitowy ESMI 0.377, indeks okrzemkowy fitobentosu IOJ 0.721.
Pod względem powierzchni to 2. co do wielkości jezioro w województwie podlaskie spośród 61 zbadanych.
Jako prawdopodobne przyczyny obniżonego stanu wód wskazuje się: rolnictwo z zabudową rozproszoną, turystyka i rekreacja.
Ostatnie badania jakości wody przeprowadzono w 2014 r., czyli 12 lat temu.