Jezioro Seksty i Kaczerajno położone jest w województwie warmińsko-mazurskie i zgodnie z klasyfikacją Jednolitych Części Wód Powierzchniowych (JCWP) jest silnie zmienioną częścią wód. W ewidencji wód jezioro figuruje pod kodem JCWP PLLW31234 (nr katalogowy 31234).
Jezioro leży w region wodny Środkowej Wisły, w obszarze dorzecza Wisły, a badania monitoringowe prowadzi Wojewódzki Inspektorat Ochrony Środowiska w Olsztyn. Współrzędne geograficzne jeziora to w przybliżeniu 53.4133°N, 21.4557°E.