Jezioro Wiżajny położone jest w województwie podlaskie i zgodnie z klasyfikacją Jednolitych Części Wód Powierzchniowych (JCWP) jest naturalną częścią wód. Zbiornik ma powierzchnię 293.1 ha oraz objętość wód szacowaną na 7746.1 tys. m³. W ewidencji wód jezioro figuruje pod kodem JCWP PLLW30579 (nr katalogowy 30579).
Jezioro leży w region wodny Łyny i Węgorapy, w obszarze dorzecza Pregoły, a badania monitoringowe prowadzi Wojewódzki Inspektorat Ochrony Środowiska w Białystok. Współrzędne geograficzne jeziora to w przybliżeniu 54.2236°N, 22.5112°E.
Zgodnie z oceną Państwowego Monitoringu Środowiska (badania z 2013 r.) ogólny stan tej części wód oceniono jako zły, a stan/potencjał ekologiczny określono jako umiarkowany, a stan chemiczny jako dobry.
Z pomiarów fizykochemicznych wynika, że przewodność elektrolityczna właściwa wynosiła 232 µS/cm, przezroczystość wody (widzialność krążka Secchiego) 1.2 m, zawartość tlenu nad dnem 8 mgO₂/l, stężenie azotu ogólnego 1.6 mgN/l, stężenie fosforu ogólnego 0.032 mgP/l, stężenie chlorofilu „a” 20.9 µg/l.
Badania elementów biologicznych wykazały, że wskaźnik fitoplanktonowy PMPL wyniósł 2.23, wskaźnik makrofitowy ESMI 0.232, indeks okrzemkowy fitobentosu IOJ 0.853.
Pod względem powierzchni to 13. co do wielkości jezioro w województwie podlaskie spośród 61 zbadanych.
Jako prawdopodobne przyczyny obniżonego stanu wód wskazuje się: rolnictwo z zabudową rozproszoną, turystyka i rekreacja.
Ostatnie badania jakości wody przeprowadzono w 2013 r., czyli 13 lat temu.