Jezioro Świętajno Naterskie położone jest w województwie warmińsko-mazurskie i zgodnie z klasyfikacją Jednolitych Części Wód Powierzchniowych (JCWP) jest naturalną częścią wód. Zbiornik ma powierzchnię 73.7 ha oraz objętość wód szacowaną na 3703.2 tys. m³. W ewidencji wód jezioro figuruje pod kodem JCWP PLLW30339 (nr katalogowy 30339).
Jezioro leży w region wodny Dolnej Wisły, w obszarze dorzecza Wisły, a badania monitoringowe prowadzi Wojewódzki Inspektorat Ochrony Środowiska w Olsztyn. Współrzędne geograficzne jeziora to w przybliżeniu 53.4333°N, 20.2204°E.
Zgodnie z oceną Państwowego Monitoringu Środowiska (badania z 2015 r.) ogólny stan tej części wód oceniono jako zły, a stan/potencjał ekologiczny określono jako umiarkowany, a stan chemiczny jako dobry.
Z pomiarów fizykochemicznych wynika, że przewodność elektrolityczna właściwa wynosiła 254 µS/cm, przezroczystość wody (widzialność krążka Secchiego) 0.9 m, zawartość tlenu nad dnem 0 mgO₂/l, stężenie azotu ogólnego 2.81 mgN/l, stężenie fosforu ogólnego 0.08 mgP/l, stężenie chlorofilu „a” 43.4 µg/l.
Badania elementów biologicznych wykazały, że wskaźnik fitoplanktonowy PMPL wyniósł 2.9, wskaźnik makrofitowy ESMI 0.412, indeks okrzemkowy fitobentosu IOJ 0.796, Jeziorowy Indeks Rybny LFI-CEN 0.91.
Pod względem powierzchni to 240. co do wielkości jezioro w województwie warmińsko-mazurskie spośród 311 zbadanych.
Jako prawdopodobne przyczyny obniżonego stanu wód wskazuje się: rolnictwo z zabudową rozproszoną.
Ostatnie badania jakości wody przeprowadzono w 2015 r., czyli 11 lat temu.