Jezioro Bajtkowskie położone jest w województwie warmińsko-mazurskie i zgodnie z klasyfikacją Jednolitych Części Wód Powierzchniowych (JCWP) jest naturalną częścią wód. Zbiornik ma powierzchnię 79 ha oraz objętość wód szacowaną na 1814.2 tys. m³. W ewidencji wód jezioro figuruje pod kodem JCWP PLLW30239 (nr katalogowy 30239).
Jezioro leży w region wodny Środkowej Wisły, w obszarze dorzecza Wisły, a badania monitoringowe prowadzi Wojewódzki Inspektorat Ochrony Środowiska w Olsztyn. Współrzędne geograficzne jeziora to w przybliżeniu 53.4450°N, 22.1514°E.
Zgodnie z oceną Państwowego Monitoringu Środowiska ogólny stan tej części wód oceniono jako zły, a stan/potencjał ekologiczny określono jako umiarkowany.
Pod względem powierzchni to 229. co do wielkości jezioro w województwie warmińsko-mazurskie spośród 311 zbadanych.
Jako prawdopodobne przyczyny obniżonego stanu wód wskazuje się: rolnictwo z zabudową rozproszona, gospodarka komunalna, turystyka i rekreacja.