Jezioro Jeleń położone jest w województwie pomorskie i zgodnie z klasyfikacją Jednolitych Części Wód Powierzchniowych (JCWP) jest naturalną częścią wód. Zbiornik ma powierzchnię 88.9 ha oraz objętość wód szacowaną na 8461.1 tys. m³. W ewidencji wód jezioro figuruje pod kodem JCWP PLLW20991 (nr katalogowy 20991).
Jezioro leży w region wodny Dolnej Wisły, w obszarze dorzecza Wisły, a badania monitoringowe prowadzi Wojewódzki Inspektorat Ochrony Środowiska w Gdańsk. Współrzędne geograficzne jeziora to w przybliżeniu 54.1204°N, 17.3136°E.
Zgodnie z oceną Państwowego Monitoringu Środowiska (badania z 2012 r.) ogólny stan tej części wód oceniono jako dobry, a stan/potencjał ekologiczny określono jako dobry, a stan chemiczny jako dobry.
Z pomiarów fizykochemicznych wynika, że przewodność elektrolityczna właściwa wynosiła 60 µS/cm, przezroczystość wody (widzialność krążka Secchiego) 4.9 m, nasycenie tlenem hypolimnionu 39.2%, stężenie azotu ogólnego 0.65 mgN/l, stężenie fosforu ogólnego 0.022 mgP/l, stężenie chlorofilu „a” 4.7 µg/l.
Badania elementów biologicznych wykazały, że wskaźnik fitoplanktonowy PMPL wyniósł 1.19, wskaźnik makrofitowy ESMI LOB, indeks okrzemkowy fitobentosu IOJ 0.934.
Pod względem powierzchni to 80. co do wielkości jezioro w województwie pomorskie spośród 152 zbadanych.
Ostatnie badania jakości wody przeprowadzono w 2012 r., czyli 14 lat temu.