Jezioro Mądrzechowskie położone jest w województwie pomorskie i zgodnie z klasyfikacją Jednolitych Części Wód Powierzchniowych (JCWP) jest naturalną częścią wód. Zbiornik ma powierzchnię 52.4 ha oraz objętość wód szacowaną na 1279 tys. m³. W ewidencji wód jezioro figuruje pod kodem JCWP PLLW20982 (nr katalogowy 20982).
Jezioro leży w region wodny Dolnej Wisły, w obszarze dorzecza Wisły, a badania monitoringowe prowadzi Wojewódzki Inspektorat Ochrony Środowiska w Gdańsk. Współrzędne geograficzne jeziora to w przybliżeniu 54.0843°N, 17.3101°E.
Zgodnie z oceną Państwowego Monitoringu Środowiska (badania z 2013 r.) ogólny stan tej części wód oceniono jako zły, a stan/potencjał ekologiczny określono jako słaby.
Z pomiarów fizykochemicznych wynika, że przewodność elektrolityczna właściwa wynosiła 277 µS/cm, przezroczystość wody (widzialność krążka Secchiego) 0.8 m, zawartość tlenu nad dnem 4.2 mgO₂/l, stężenie azotu ogólnego 1.89 mgN/l, stężenie fosforu ogólnego 0.145 mgP/l, stężenie chlorofilu „a” 81.6 µg/l.
Badania elementów biologicznych wykazały, że wskaźnik fitoplanktonowy PMPL wyniósł 3.04, wskaźnik makrofitowy ESMI 0.38.
Pod względem powierzchni to 145. co do wielkości jezioro w województwie pomorskie spośród 152 zbadanych.
Jako prawdopodobne przyczyny obniżonego stanu wód wskazuje się: rolnictwo z zabudową rozproszoną, turystyka i rekreacja.
Ostatnie badania jakości wody przeprowadzono w 2013 r., czyli 13 lat temu.