Jezioro Chotkowskie położone jest w województwie pomorskie i zgodnie z klasyfikacją Jednolitych Części Wód Powierzchniowych (JCWP) jest naturalną częścią wód. Zbiornik ma powierzchnię 56.7 ha oraz objętość wód szacowaną na 3058.5 tys. m³. W ewidencji wód jezioro figuruje pod kodem JCWP PLLW20997 (nr katalogowy 20997).
Jezioro leży w region wodny Dolnej Wisły, w obszarze dorzecza Wisły, a badania monitoringowe prowadzi Wojewódzki Inspektorat Ochrony Środowiska w Gdańsk. Współrzędne geograficzne jeziora to w przybliżeniu 54.0904°N, 17.2123°E.
Zgodnie z oceną Państwowego Monitoringu Środowiska (badania z 1994 r.) ogólny stan tej części wód oceniono jako zły, a stan/potencjał ekologiczny określono jako umiarkowany.
Pod względem powierzchni to 137. co do wielkości jezioro w województwie pomorskie spośród 152 zbadanych.
Jako prawdopodobne przyczyny obniżonego stanu wód wskazuje się: rolnictwo z zabudową rozproszoną.
Ostatnie badania jakości wody przeprowadzono w 1994 r., czyli 32 lata temu.