Jezioro Kościelne położone jest w województwie podlaskie i zgodnie z klasyfikacją Jednolitych Części Wód Powierzchniowych (JCWP) jest naturalną częścią wód. Zbiornik ma powierzchnię 50.8 ha oraz objętość wód szacowaną na 1684.9 tys. m³. W ewidencji wód jezioro figuruje pod kodem JCWP PLLW30587 (nr katalogowy 30587).
Jezioro leży w region wodny Łyny i Węgorapy, w obszarze dorzecza Pregoły, a badania monitoringowe prowadzi Wojewódzki Inspektorat Ochrony Środowiska w Białystok. Współrzędne geograficzne jeziora to w przybliżeniu 54.1511°N, 22.3844°E.
Zgodnie z oceną Państwowego Monitoringu Środowiska ogólny stan tej części wód oceniono jako zły, a stan/potencjał ekologiczny określono jako słaby/zły.
Pod względem powierzchni to 61. co do wielkości jezioro w województwie podlaskie spośród 61 zbadanych.
Jako prawdopodobne przyczyny obniżonego stanu wód wskazuje się: gospodarka komunalna, rolnictwo z zabudową rozproszoną, turystyka i rekreacja.