Jezioro Łabędź położone jest w województwie warmińsko-mazurskie i zgodnie z klasyfikacją Jednolitych Części Wód Powierzchniowych (JCWP) jest naturalną częścią wód. Zbiornik ma powierzchnię 308.4 ha oraz objętość wód szacowaną na 11353.9 tys. m³. W ewidencji wód jezioro figuruje pod kodem JCWP PLLW20128 (nr katalogowy 20128).
Jezioro leży w region wodny Dolnej Wisły, w obszarze dorzecza Wisły, a badania monitoringowe prowadzi Wojewódzki Inspektorat Ochrony Środowiska w Olsztyn. Współrzędne geograficzne jeziora to w przybliżeniu 53.3716°N, 19.3714°E.
Zgodnie z oceną Państwowego Monitoringu Środowiska (badania z 2001 r.) ogólny stan tej części wód oceniono jako zły, a stan/potencjał ekologiczny określono jako umiarkowany.
Pod względem powierzchni to 72. co do wielkości jezioro w województwie warmińsko-mazurskie spośród 311 zbadanych.
Jako prawdopodobne przyczyny obniżonego stanu wód wskazuje się: gospodarka komunalna, rolnictwo z zabudową rozproszoną.
Ostatnie badania jakości wody przeprowadzono w 2001 r., czyli 25 lat temu.