Jezioro Gardzień położone jest w województwie warmińsko-mazurskie i zgodnie z klasyfikacją Jednolitych Części Wód Powierzchniowych (JCWP) jest naturalną częścią wód. Zbiornik ma powierzchnię 85.5 ha oraz objętość wód szacowaną na 1020.9 tys. m³. W ewidencji wód jezioro figuruje pod kodem JCWP PLLW20566 (nr katalogowy 20566).
Jezioro leży w region wodny Dolnej Wisły, w obszarze dorzecza Wisły, a badania monitoringowe prowadzi Wojewódzki Inspektorat Ochrony Środowiska w Olsztyn. Współrzędne geograficzne jeziora to w przybliżeniu 53.4043°N, 19.3328°E.
Zgodnie z oceną Państwowego Monitoringu Środowiska (badania z 2015 r.) ogólny stan tej części wód oceniono jako zły, a stan/potencjał ekologiczny określono jako słaby, a stan chemiczny jako dobry.
Z pomiarów fizykochemicznych wynika, że przewodność elektrolityczna właściwa wynosiła 195 µS/cm, przezroczystość wody (widzialność krążka Secchiego) 0.3 m, zawartość tlenu nad dnem 8.1 mgO₂/l, stężenie azotu ogólnego 3.48 mgN/l, stężenie fosforu ogólnego 0.098 mgP/l, stężenie chlorofilu „a” 125.7 µg/l.
Badania elementów biologicznych wykazały, że wskaźnik fitoplanktonowy PMPL wyniósł 3.88, wskaźnik makrofitowy ESMI 0.215, indeks okrzemkowy fitobentosu IOJ 0.673, Jeziorowy Indeks Rybny LFI-CEN 0.81.
Pod względem powierzchni to 217. co do wielkości jezioro w województwie warmińsko-mazurskie spośród 311 zbadanych.
Ostatnie badania jakości wody przeprowadzono w 2015 r., czyli 11 lat temu.